Этот прибор—оптимальное решение для исследований в области нанотехнологий, включая нанобиотехнологии, материаловедение и полупроводниковую промышленность.

Встроенный Омега-фильтр позволяет решать аналитические задачи, а также существенно улучшает контраст изображений, даже при работе с толстыми или замороженными образцами.

Микроскоп JEM-2200FS имеет встроенную прецизионную ПЗС камеру, взамен традиционного флуоресцентного экрана и бинокуляра.
Как и все ПЭМ последнего поколения, данный микроскоп имеет полностью автоматическую систему управления.