JEM-2100 построен на основе легендарного ПЭМ JEM-2010, который долгое время считался стандартом «де факто» в промышленных приложениях электронной микроскопии и демонстрировал наилучшие показатели надежности, качества изображений и аналитических возможностей среди всех 200 кВ электронных микроскопов высокого разрешения. JEM-2100 имеет улучшенную систему управления и более совершенную защиту от вибраций. Прибор управляется компьютером на базе операционной системы Windows.

На прибор можно устанавливать различные приставки: ЭДС и сканирующую приставки, различные детекторы (темного поля, вторичных и обратно-рассеянных электронов, и т.д.), держатели с охлаждением или нагревом, и т.п.
Использование в приборе катода из гексаборида лантана (LaB6) существенно снижает стоимость владения данным прибором.